本堂には、奈良時代の制作にかかる巨大な如意輪観音座像が本尊としてまつられています。如意輪観音として古いお姿の遺例としても重要視されており、塑像（土でできた仏像）としては日本最大の仏様で、日本三大仏にもあげられており、重要文化財に指定されています。

日本三大仏とは、

”銅像”の東大寺 毘盧遮那仏（奈良の大仏）
”木像”の長谷寺御本尊 十一面観世音菩薩
”塑像”の岡寺御本尊 如意輪観音菩薩

と、古来より言われております。

寺伝によると弘法大師が日本・中国・インド三国の土を以って造られ、それまで本尊とされてきた金銅如意輪観世音菩薩 半跏思惟像（重要文化財）を胎内に納められ本尊とされたとの伝えも残っています。

本尊の高さは4.85メートルにおよび、通常は平安時代以後に、密教の流入に伴って流布した六臂（六本の手）で、片膝を立てて思惟する像容が多いのですが、岡寺本尊は二臂（二本の手）で、右手は施無畏、左手は与願の印を結んで、結跏趺坐をする姿をしています。しかし台座部の調査結果から、当初は左足を踏み下げて坐る半跏像であったのではないかと推測されています。 この二臂のお姿の如意輪観音像は非常に少なく、西国三十三所観音霊場でも七番岡寺と十三番石山寺の御本尊しか無く、大変貴重な御姿の如意輪観音様とされております。

興福寺の伝えによると弘法大師は法相学を義淵僧正ー道慈ー慶俊・勤操ー空海（弘法大師）という系統で学ばれたとなっていますので、義淵僧正の高徳を偲び、その菩提を祈る意味で、義淵僧正の廟のある岡のもとに一字を造り、如意輪観音の塑像大仏を造顕安置されたと考えられています。

古来より現在に至るまで永きにわたって「西国第七番の観音さま」「やくよけの観音様」として信仰を集めています。