涅槃図とはお釈迦様入滅の時の情景を仏画にしたものであり、沙羅双樹の下に横たわるお釈迦様と、それを取り囲むように、仏弟子以外にも多数の菩薩･天･動物が集まり悲しんでいる様子が描かれている。我が国では古来よりお釈迦様が入滅された2月15日に涅槃図を本尊とし、お釈迦様の遺徳を偲ぶ涅槃会を営んできた。本作は平成17年に行われた開山堂解体修理の際に廊下天井裏から発見され、その後一年半をかけて修復された。

真言宗の祖師のひとり善無畏が北インド乾陀国（けんだこく）の金粟王塔（こんぞくおうとう）下で『大日経供養法』を感得した話と、同じく竜猛が南インドの鉄塔中に納められていた『金剛頂経』を相承した話を、一組にした図。現天理市にあった内山永久寺の障子絵『両部大供感得図』の写し。前者は花咲く春、後者は紅葉の秋の景に描き分け、また海辺と山中という対照も与えて、仏教絵画でありながら大和絵風の情感を備える点も、原本通りである。岡寺三重宝塔壁画はこの両部大経感得図の印象的な場面を採用している。三重宝塔壁画一般公開は毎年10月第3日曜日の開山忌に行われている。

旧境内地に建っていた三重宝塔が文明四年(1472)に倒壊以来再建を見る事ができなかったが、昭和61年に五百十余年ぶりに再建された現三重宝塔の扉絵。十二天は、仏教の護法善神である「天部」の諸尊12種の総称である。密教では四天王とともに重視されている。十二天のうち、特に八方（東西南北の四方と東北・東南・西北・西南）を護る諸尊を八方天である。画面左から
風天（西北）毘沙門天（北）・伊舎那天（東北）帝釈天（東）
羅刹天（西南）水天（西）・火天（東南）閻魔天（南）
三重宝塔の初層壁画及び扉絵は毎年10月第3日曜日の開山忌野点茶会の際に年に1度の特別公開をしている。